El interior del templo destaca por su volumen y altura de bóvedas, predominando los arcos doblados y apuntados y las bóvedas asimismo apuntadas como corresponde a un momento tardío del románico.

Cuatro parejas de pilares cruciformes compuestos organizan el interior de las naves en cuatro tramos y por delante la nave crucero. Las naves laterales cubren en sus respectivos tramos por medio de bóvedas de arista.

La cúpula del crucero es levemente esquifada. Se alza sobre cuatro trompas angulares y tiene la infrecuente característica de reforzarse por medio de dos parejas de nervaduras paralelas cruzadas y otras cuatro simples que surgiendo de la mitad de cada trompa van a converger con el ángulo de cruce con las anteriores. Es una infrecuente forma decorativa que evoca otras semejantes vistas en San Miguel de Almazán, Torres del Río, La Vera Cruz de Segovia, el Hospital de San Blas o la de Santa Cruz de Olorón.

Además, en el arranque de las nervaduras pareadas se abrieron vanos en la propia bóveda, lo que le aporta otro dato de rareza a la estructura (Imagen 6).

En el interior del templo hay algunas epigrafía interesantes, especialmente las de la cabecera porque aportan fechas y el nombre del abad. (Las epigrafías, algunas muy poco legibles, las cita José Carlos Valle Pérez en la Enciclopedia del Románico correspondiente al tomo de Pontevedra).

En el segundo pilar norte, en su frontal se encuentra esta inscripción: "CONFRATR(um) - HIC ARCUS" (Imagen13).

En el último pilar del lado sur hay otra muy gastada que fue leída en su momento por Enrique Campo: "ARCUS ISTE - CONFRA(t)R(um) S(ancte)M(arie) - DE LANCADA.

En la cabecera: pilastra norte del ábside central en sus caras frontal y oriental: "FUNDATA EST ECC(les)IA - ERA MCCV Q(uo)T(um) -XVI K(alendas) IULII" (Imagen 18).

Y en la pilastra sur, frente a la anterior: "ABBAS DOMNUS ERU(s) - FEC(i)T M(e)M(o)R(i)A S(anctae) M(a)RIA(e), que nos señala que el abad Ero inicio las obras de la cabecera del templo el 16 de junio de 1167 (Imagen 17).

Resulta curioso ver cómo en alguno de los pilares se preparó cuidadosamente un sillar con interlineados para recibir una epigrafía que no llegó a realizarse (Imagen 14).