La iglesia dedicada a santa María Magdalena es sobria. Cisterciense como corresponde a una obra de la Orden impulsada por el abad de Fitero. Edificada entre 1179 y 1200 tras la donación a la Orden por Alfonso II de Aragón en la primera de las fechas. Fue la primera iglesia parroquial de la primitiva villa de Alcañiz

La cabecera es recta y en ella abre un vano de doble derrama y un óculo en altura. Cinco son sus tramos, delimitados por cuatro pares de arcos fajones apuntados. El primero de los tramos adopta la función de cabecera. Hay una clara diferenciación en el tratamiento dado a sus muros norte y sur. El muro septentrional es más austero, liso, carente de semicolumnas de tal modo que los arcos fajones se apearon en ménsulas sitas a la altura de la imposta. En la actualidad lo que resta de las ménsulas se ha decorado con unos elementos góticos portando el escudo de la Orden de Calatrava continuados hacia abajo por prolongación cónica embebida en el muro. Por el contrario, en el muro sur, la articulación del muro es más tradicional: Cuatro semicolumnas adosadas rematadas en capiteles esculpidos lo segmentan en cinco tramos.

La portada de acceso al claustro abre en el tramo central. A ambos lados, en altura hay sendos ventanales abocinadas que reciben notable decoración a base de dos pares de columnas con sus arquivoltas. Bajo el primero hay un espacio ganado al muro. Dos arcos de medio punto apean en tres columnillas con capiteles lisos dispuestas en sucesión en el centro y otra pareja igual, una a cada lado. En el piso hay dos concavidades a diferente altura. Su funcionalidad litúrgica la desconozco. Quizá pudiera ser la de lavatorio ritual (Imágenes 6 a 8). Por delante, también en espacio ganado al muro, hay una credencia.

Adosado al lado norte de la cabecera encontramos el magnífico sepulcro de Juan de Lanuza (1520-1535), virrey de Aragón y Comendador Mayor de Alcañiz. Es una magnífica obra renacentista en alabastro del escultor Damián Forment en 1537-38. Por delante del mismo se accede a la torre de Lanuza, añadida al perfil del templo original. La nave del templo se ha ocupado con filas de butacas y unas luminarias sobre la cabecera permiten que el lugar sea, como ahora se dice, "multiusos". Una serie de paneles informativos aleccionan al visitante acerca del lugar en que se halla, su trascendencia y su devenir histórico.