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Es un templo construido con excelente sillería caliza. Posee una sola nave dividida en tres tramos. La portada se abre en un antecuerpo situado en el muro sur del tramo central. La primitiva cabecera fue sustituida en mediados del S XVI, tras un hipotético incendio del que no existe constancia documental, por la actual con amplio presbiterio - a modo de pseudotransepto - cubierto con crucería estrellada y capilla poligonal con bóveda avenerada (Imagen 12).
Sobre el tramo que precede al presbiterio se alza la torre prismática que sólo conserva original el cuerpo inferior, siendo posterior el cuerpo de campanas, quizá coetáneo a la reforma de la cabecera.
La fachada meridional , que es la más profusamente ornamentada, se articula en dos niveles. El piso inferior se adorna con una arquería ciega sobre zócalo corrido, no muy alto: tres arcos en el primer tramo de la nave y dos en el más oriental, ya que éste es más corto. Son arcos levemente apuntados, ornados con gruesos baquetones y rodeados por guardapolvos con perfil de nacela, que apean en jambas en los extremos y en columnas geminadas en los centrales (Imágenes 9, 10 y 11).

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Los capiteles del primer tramo poseen un alto valor decorativo. Cesta de acantos, de moldurados nervios, puntas vueltas y acogiendo tallos rematados en piñas (Imagen 15). Pareja de arpías con rostro de efebo (Imagen 13).
Sobre las arquerías se abren dos ventanas a ambas lados del muro. En la cara exterior del cimacio del capitel izquierdo de la ventana del primer tramo se lee: IN ERA MCCXXVI , es decir el año 1188 de nuestro calendario En la ventana más oriental, a modo de tímpano, existe un frontón decorado con un molinillo de acantos helicoidales y dos florones en las esquinas que recuerdan modelos de estelas funerarias romanas (Imágenes 10 y 11).
Un pórtico relativamente moderno, realizado hacia 1865, impide la contemplación de la fachada meridional en su totalidad; pero gracias a él podemos admirar en un aceptable estado, una de las portadas más espectaculares del románico castellano.
La portada posee tímpano, tres arquivoltas y guardapolvo de punta de diamantes A cada lado aparece un grupo escultórico (Imagen 1).
Preside el tímpano un Pantocrator rodeado de una mandorla donde se lee:

VICIT LEO DE TRIBU IVDA, RADIX DAVID , ALELLUIA.

Aparece Cristo descalzo y entronizado, con actitud serena, barba rizada y largo cabello que cae sobre sus hombros, sosteniendo el Libro cerrado sobre su rodilla izquierda, mientras que debía de señalar el Libro o bendecir con su desaparecida mano derecha. Rodea a la mandorla el Tetramorfos, es decir las figuraciones de los cuatro evangelistas, que aquí como en Santo Domingo de Soria portan ángeles. Más difíciles de identificar son los dos personajes que completan el tímpano (Imágenes 1 y 3).

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En la arquivolta interior vemos representados los veinticuatro Ancianos del Apocalipsis en torno a la figura central del ángel con las alas extendidas. Los ancianos aparecen sedentes, coronados y con variadas actitudes: unos tocan instrumentos, otros portan rollos o pomos de perfumes (Imágenes 1, 2 y 4).
En la arquivolta central un incompleto y desordenado ciclo de la infancia de Cristo, con escenas de la Matanza de los Inocentes, la Anunciación, La Visitación y la Huida a Egipto. Entre estas escenas se ve un centauro-sagitario disparando su arco, un personaje desquijarando a un león, un grifo , un combate de un guerrero, etc... Esta arquivolta carece de línea narrativa. La tercera arquivolta está decorada con un friso de acantos de profundas acanaladuras y nervios centrales, bien ornado con puntos de trépano (Imagen 1).
En los capiteles de la izquierda de la portada vemos sobre las columnas pareadas, una representación de la Santa Cena, bastante desgastada. En el siguiente, pareja de híbridos alados. En el tercero, dos esfinges opuestas por los cuartos traseros; ambas con cabezas humanas cubiertas de caperuza (Imagen 14).Y en la más interior dos grifos de plumaje primorosamente trabajado (Imagen 6).

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El capitel interior del lateral derecho muestra dos híbridos alados afrontados. En el siguiente parejas de aves. En el tercero, se oponen dos magníficos leones y en el capitel doble se adivina la figura de un jinete que arremete contra otra figura (Imagen 6).
Dos grandes relieves, dispuestos en las enjutas, flanquean la portada. Expresan la victoria sobre el demonio después de Encarnación, Sacrificio y triunfo de Cristo, mediante sendos ángeles que clavan sus lanzas en dos seres en cuclillas de cuerpos humanos y rostros maléficos con arrugas y grandes orejas sobre cuyos hombros se apoyan (Imágenes 5 y 8).En el interior, los dos tramos más occidentales de la nave se cubren con bóveda de cañón apuntada reforzada por gruesos arcos fajones doblados que apean en dos columnas en los codillos interiores del hastial y haces de tres columnas en los muros laterales (Imagen 16). Llaman la atención los fustes en zigzag de las tres columnas adosadas al muro sur en las que apea el arco fajón que da acceso al tercer tramo de la nave (Imagen 17).
El tramo que antecede al presbiterio, sobre el que se eleva la torre, esta cubierto por bóveda de crucería.

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Los paramentos interiores están articulados con arcos ciegos, que los adelgazan y animan. En el muro norte existen ventanas geminadas ciegas, con fin decorativo (Imagen 19). La iluminación la recibe a través de las existentes en el muro sur (Imagen 17).
La decoración de los capiteles de las columnas y ventanas interiores es del tipo vegetal y zoomórfico con temas similares a los del exterior.
En el muro norte del tramo central, frente a la puerta, una capilla moderna de arco rebajado alberga una sobria pila bautismal de traza románica. Se alza sobre un tenante cilíndrico y tiene copa semiesférica lisa y sólo decorada con un bocel en la embocadura (Imagen 18).
Hasta ahora se ha visto en Moradillo la mano del taller del segundo maestro de Silos. En la actualidad se están reconociendo además la existencia de múltiples fuentes de inspiración.
San Esteban de Moradillo de Sedano es uno de los conjuntos más sobresalientes del tardorrománico burgalés y castellano, tanto en la calidad de sus materiales como por el trabajo de los maestros que trabajaron en él.