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La inscripción reza así:
HEDIFICATIO: HUIUS: TEMPLI: FUIT: FACTA: SUB: ANNO: D: OMNI: M: CC: XX: VI: NONO: KL: DECEMBRIS: IOHE: PETRI: EPO: EXISTENTE: IN: CALAGURRA: ET: REGNANTE: FERDINADDO: IN: CASTELLA: ET: M: ARCHIDIACONO: IN: ARMENTIA: ET: FORTUNIO: DE: MARQUINIZ: ARCHIPRESBITERO: IN: TRIVINIO: ET: GARSIAS: DE: PANGUA: MAGISTRO: IN: ARMENTIA: UT: VIDENTES: HOC: SCRIPTUM. ORENT: PRO: ANIMIA: EPI: ESPECIALITER: ET: OMNIBUS: BENEFACTORIBUS: HUIS: TEMPLI.
(Este templo se edificó el día noveno de la calenda del mes de diciembre del año del señor 1226, siendo Juan Pedro, obispo de Calahorra y reinando Fernando de Castilla y siendo M arcediano en Armentia y Fortunio de Marquínez arcipreste en Treviño y García de Pangua maestro en Armentia. Para los que vean esta inscripción rueguen especialmente por el alma del obispo y por todos los benefactores de este templo .)
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El edifico es de planta rectangular con la cubierta a dos aguas. En la fachada sur se encuentra la portada y en el lado este, el ábside semicircular, con cubierta cónica.
Adosadas al ábside hay dos medias columnas rematadas por capiteles. La cornisa y canecillos carecen de decoración. También posee una imposta ajedrezada que lleva hasta la portada del lado sur. No continúa en el muro norte.
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La portada con arco apuntado, como casi todos los de esta zona, se asienta sobre tres pares de columnas. Los capiteles están adornados con hojas de acanto y rostros humanos surgiendo de entre elementos vegetales. La arquivolta externa es de grueso baquetón, le sigue otra con hojas de acanto, la siguiente es de baquetón, continúa otra con un entrelazado seguido por una hilera de besantes y una piña en su interior, la siguiente vuelve a ser un baquetón, la siguiente arquivolta es de hoja de acanto, continúa otra con baquetón, luego una hilera de besantes y termina con una en baquetón.
Sobre la portada hay un tejado con cornisa ajedrezada y canecillos sin ornamentación. Tiene tres adornos circulares, uno central y los dos restantes, laterales.
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En el lado sur hay dos ventanas, la situada en el lado de presbiterio presenta tres pares de columnas sin capiteles y arcos de medio punto con arquivoltas en forma de baquetón y la del cabecero presenta una arquivolta central con hojas de acanto y cerrando el arco, una cenefa ajedrezada. La ventana de ábside es parecida y sólo tiene dos pares de columnas. Esta abundancia de vanos es inexistente en el muro norte.
DECRETOS:
Mediante Decreto 265/1984, de 17 de julio (B.O.P.V. n.º 132, de 4 de agosto), fue declarada Monumento Histórico Artístico la Ermita de San Juan, sita en Markinez, Bernedo (Álava).
Decreto por el que se adapta a las prescripciones de la Ley 7/1990, del Patrimonio Cultural Vasco, el expediente de Bien Cultural Calificado, con la categoría de Monumento, a favor de la Ermita de San Juan, sita en Markinez, Bernedo (Álava).
Restaurado por la diputación en 1958 y después se ha hecho algún pequeño arreglo.
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COMO LLEGAR:
Desde Álava, coger la carretera que se dirige al Condado de Treviño A2124 y que atraviesa los montes de Álava. Pasaremos por San Vicentejo, donde merece una parada y continuaremos hasta un cruce de carreteras dirigiéndonos a la izquierda en dirección a Saraso y continuaremos hasta encontrar un desvío a la izquierda en dirección al bonito y tranquilo pueblo de Marquínez. A las afueras de dicho pueblo en dirección a Arlucea, encontraremos la ermita de San Juan
Entorno apacible. Bellos lugares para hacer senderismo.
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