Hay que entrar al templo y avanzar decididos hacia su cabecera para apreciar la elegante solución a su altar y presbiterio centrales (Ver planta). La media docena de pilastras radiales, que aparentan ser fracciones del muro que a buen seguro Garsión hubiera deseado fabricar constituyen el elemento que le aporta el toque de elegancia y estilo a esta cabecera. Luego, de cerca, su decoración es tan bella, tan elaborada, que hace dudar de su cronología. El escultor principal de este templo, sin duda, como apunta Bango Torviso, hizo variar el proyecto de Garsión aportándole el toque de distinción. Pero para poder apreciar estos detalles así como para advertir el gran espacio que se contempla desde el interior del ábside restante de la cabecera (Imagen 1) se hubo de esperar hasta que en febrero de 1994 se dio comienzo al desmonte del retablo de Damian Forment. El genial escultor del alabastro, cuyo único retablo en madera realizó aquí, murió el día de Nochebuena de 1540 casi a punto de concluir esta su última obra. Casi quinientos años se hubo de esperar para poder apreciar de nuevo la belleza de este espacio lleno de sorprendentes soluciones.
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Desde la nave central, por delante del coro, la cabecera aparece rotunda, con su transepto al que abren los dos accesos al deambulatorio y el altar mayor dedicado a la Santísima Trinidad, representada como veremos más adelante por una "Paternitas" en lo alto de la pilastra del lado sur. Los abovedamientos actuales, de crucería gótica así como sus ventanales en altura de este mismo momento añaden luz y magia al conjunto (Imagen 3).
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La altura del vano de acceso al deambulatorio desde el transepto es de notable altura, acrecentada esta sensación por su angostura. En altura su arco es apuntado, como los de la cabecera y por encima abren sendos ventanales de medio punto que abren a la galería superior. En el lado sur,y entre ventanal y acceso descritos hay colgado un gran fragmento de la horca en que ajusticiaron al peregrino causante del milagro del "canto de la gallina asada". Así lo dice un cartel sobre el mismo: "Esta madera es de la horca del peregrino" (Imagen 5)
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Los arcos entre las pilastras de la cabecera son apuntados; algo más rebajado el central por ser su anchura mayor que la del resto. A su través se aprecia perfectamente el ábside central de la cabecera (Imagen 6). Los arcos más extremos correspondientes al presbiterio, son de medio punto (Imágenes 11 y 14). Y en altura, los siete vanos de medio punto a modo de pequeños miradores rehundidos adornados con baquetón simple en el interno y doble en el exterior
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El deambulatorio propiamente dicho es corriente. Cisterciense. Bóvedas de crucería con medallones decorados (Imágenes 7 a 9). Hay una gran diferencia entre mirar su muro exterior, al que abrieron los tres absidiolos, o hacerlo hacia el centro del templo, donde la magia de las seis pilastras y su elegante decoración tanto en lo arquitectónico como en lo ornamental hacen bien patente la diferencia (Imágenes 11 a 14).
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En las cuatro pilastras del ábside mayor, la semicolumna central que vemos en los del presbiterio (Imagen11) se suple por la pilastra esculpida que rebasa los ábacos de los alargados capiteles de cada pilastra y alcanza la imposta donde debió de comenzar la bóveda no realizada para dar apeo a las correspondientes nervaduras de refuerzo de la misma.
Cada pilastra está recubierta en cada uno de sus laterales por cinco pequeñas semicolumnas y hacia el exterior, por una semicolumna flanqueada por otras dos, más pequeñas y giradas hacia el afuera para dar apeo a las nervaduras de cada tramo del deambulatorio (Imagen 1).
El intradós de los arcos entre pilastras se decora con dos tramos de doble baquetón y moldura central, dejando entre ambos un espacio vacío de un tercio de la profundidad del arco, contribuyendo a aumentar el juego de luces y sombras y de levedad del conjunto (Imagen 1).